Supondo que você esteja usando um servidor X recente que suporte o udev e esteja usando o driver de entrada do udev. A causa mais provável é que os synaptics estão sendo usados como um mouse genérico. Tente adicionar o seguinte ao seu arquivo xorg.conf.
Section "InputClass"
Identifier "synaptics"
MatchIsTouchpad "on"
Driver "synaptics"
Option "VertTwoFingerScroll" "on"
EndSection