Não encontrei o método de salvamento exato, portanto, verifique se você está fazendo isso:
iptables-save > /etc/iptables/iptables.rules
Em seguida, reinicie e deve manter as regras que você criou antes de salvar.
Também o arquivo que eu uso para salvar regras é diferente, eu não tenho certeza sobre o ArchLinux, mas no Ubuntu está aqui:
/etc/iptables.rules
Uma outra pergunta é se há algo mais em execução que modifique o iptables? por exemplo. Shorewall