É um bug, provavelmente no Dock.app, que é responsável pelo alternador de aplicativos, ou talvez SystemUIServer, que é responsável pela interface do usuário.
Isso acontece comigo às vezes com vários aplicativos, como o Mail e o Safari. Eu normalmente tenho um alto uso de recursos na minha máquina, então isso pode ser um fator contribuinte.
Não consigo replicar isso de forma consistente usando as etapas descritas por você.
É 100% reproduzível para você, após uma reinicialização e desde um novo login?
Esta pergunta provavelmente será encerrada a menos que você elabore, já que não acho que "isso acontece para você?" cabe dentro do escopo do superusuário.