del /s
seria excluído dos subdiretórios.
fc
compararia dois arquivos.
dir/s/b /a-d > list.bat
despejaria todos os nomes de arquivos em um arquivo de texto.
Você pode usar as macros do Notepad ++ para editar em massa o arquivo de texto para FC em cada arquivo.
Você pode usar um arquivo em lote para fazer uma espécie de / each nos arquivos que fazem a mesma coisa.