Para testar, tente usar o FTP manualmente. FTP para o seu site na linha de comando, fazer algumas coisas, então espere cerca de 30 segundos ou mais, e veja se ele desconecta você. Lembro-me de uma empresa de webhosting me esgotou muito rápido.
Quanto ao tramp, a única coisa que posso ver é a opção de usuário tramp-completion-reler- diretório-timeout . Talvez se pergunte se alguém mudou o diretório e releia para ter certeza.