Esse processo é uma maneira relativamente razoável de garantir que o setor de inicialização não seja comprometido ... você pode usar sistemas de arquivos de loopback, mas é um pouco complicado.
aqui está um tutorial sobre como iniciar um iso com o grub ...: link
você poderia, então, juntar alguns scripts de inicialização para obter todas as suas partições organizadas apropriadamente ... isso envolve a configuração de arquivos como partições e o losetup: a man page link