Você tem uma configuração que não seja média (por exemplo, não é uma configuração simples de saída de dois canais)? Eu tenho um sistema de som surround 5.1 no meu computador (com suporte para que a bordo da placa-mãe), e às vezes o PulseAudio vai esquecer como tocar som com ele. A solução que normalmente funciona para mim é ir para a tela de preferências de som (clicando no pequeno "alto-falante" no canto superior direito da tela), vá para a guia Hardware e altere o perfil de áudio de 5.1 para algo mais, e depois de volta.
Mesmo que você tenha apenas uma configuração de dois canais ou de 2,1 canais, convém experimentar que --- enquanto o áudio estiver sendo reproduzido --- para ver se isso consertará qualquer coisa.