A maneira de ter certeza é olhar para o cartão em si; Se o cabo do ventilador é de apenas dois fios, em seguida, fazê-lo no software é quase impossível (você teria que realmente regular a tensão de saída). Se é mais, tem um canal de controle, então, teoricamente, é possível, mas na prática o cartão pode não cooperar ou simplesmente não haveria software escrito para ele. Em suma - você provavelmente terá que lidar com isso. (Alternativamente, você poderia soldar um pequeno resistor no cabo do ventilador ...)
EDIT: É quase impossível com segurança. Certamente, isso pode ser feito em muitos hardwares, mas eu não me sentiria confortável em tratar meu hardware dessa maneira - é uma boa maneira de danificá-lo potencialmente.