O Defrag funciona com o VirtualBox, desde que você use a versão não-GPL de código fechado que possui passagem USB. A versão de código fechado é gratuita (como na cerveja grátis) para uso pessoal e educacional.
Você não pode desfragmentar a opção por meio do recurso "pasta compartilhada" porque não é possível fazer operações em nível de sistema de arquivos (como defrag) em um compartilhamento de rede samba.