Tendo aberto uma recompensa, eu realmente fiz uma pesquisa mais profunda e acho que encontrei a resposta.
Basicamente, era o modo de intercâmbio em cache a ser ativado (eu corro Xobni que recomenda isso).
O problema é que as regras do BES e do cliente estão alterando a mensagem e, por causa do Modo Cache do Exchange, isso resultou em duas cópias, uma das quais (a primeira, corrigida no lado do cliente) é armazenada em uma Sincronizar - pasta Conflitos (que fica visível se você procurar por ela, clicando na pesquisa de versões relacionadas).
Eu poderia ter desabilitado todas as regras somente do cliente, mas não teria o sinalizador e as categorias, mas desabilitar o Modo Cache do Exchange faz o truque. (Claro, isso pode quebrar Xobni).