Não há diferença factível. O Audigy SE é um modelo reduzido, com um controlador de áudio CA-0106 mais barato no lugar do EMU10k2 em cartões Audigy padrão.
With the CA-0106, the SE/Value are limited to software-based EAX 3.0 (upgraded to software-based EAX 4.0 with a driver update), no advanced resolution DVD-Audio Playback, and no Dolby Digital 5.1 or Dolby Digital EX 6.1 playback.
Então, com essa placa você está usando apenas o slot PCI e também terá todos os problemas e bugs com drivers Creative no Vista ou no Win7. Os drivers Realtek são mais simples e, em muitos casos, sem problemas.