Isso depende da distribuição, mas geralmente os usuários comuns só têm acesso de gravação aos arquivos em seu diretório pessoal, juntamente com algumas pastas para arquivos temporários. O que eles têm acesso de leitura varia ainda mais. Se você quisesse alterar as permissões padrão dos diretórios iniciais de novos usuários, provavelmente modificaria /etc/skel
na maioria dos sistemas.