Infelizmente, o aplicativo tem que suportar as teclas de mídia, não há nenhuma maneira que eu saiba para o usuário final remapá-las. Eu não acho que o Banshee suporta media keys no OS X.
Existe um add-on para o Songbird que fornece essa aplicação ao suporte da chave multimédia da Apple, se estiver interessado em explorar outras opções de reprodução.
EDITAR:
Outra opção que acabei de pensar é usar outro driver de teclado com mais configurações para remapear as chaves. Eu acho que o excelente driver USB de Alessandro Levi Montalcini, USB Overdrive , pode fazer o remapeamento dessas teclas . Eu ainda não testei isso.