Já tentou definir as configurações do KWin específicas do aplicativo para o Emacs? Se você clicar com o botão direito do mouse na barra de título do Emacs, e selecionar Advanced- > Special Application Settings, deverá obter configurações específicas do aplicativo que serão usadas sempre que o Emacs for aberto. Selecionei "Opacidade ativa%" na guia "Preferências", defini-a como 75 e selecione "Forçar" na lista suspensa. O Emacs agora tem 75% de opacidade sempre que é lançado.
Nota: Estou usando o KDE 4.4.
Editar: Apenas para referência: uma breve busca pela transparência do Emacs + surgiu com esta . Eu também não tive sorte com as configurações do Emacs.