Uma unidade de disco rígido externa ou SSD conectado via eSATA ou USB 3 funcionará bem com o Linux.
Uma unidade de disco rígido ou SSD funcionará também via USB 2, mas é claro, mais lenta. Os pendrives USB 2 serão ainda mais lentos, devido ao hardware de memória flash lento. Veja este link sobre a velocidade dos pendrives USB . Também é possível usar um cartão de memória rápido.
É possível fazer o que você sugere, mas é muito mais fácil obter um pendrive USB como uma ferramenta intermediária, clonar o arquivo iso no pendrive e inicializar a partir do pendrive.
Unidade portátil
Ele torna a instalação na unidade de destino final (unidade de disco rígido, SSD, pendrive fastUSB 3 ou placa de memória rápida) mais fácil e menos arriscada, se você desconectar ou desconectar a unidade interna do Windows durante a instalação. Então você pode escrever o bootloader na unidade externa e ele funcionará sozinho.
Esse sistema Ubuntu será portátil para outros computadores, se você não instalar nenhum driver proprietário.
Inicialização pela unidade interna
Se você não pretende fazer uma unidade portátil, mas apenas pretende usar a unidade externa em um computador, não precisa de um bootloader nela. Neste caso, pode até ser mais conveniente inicializar através da unidade interna. Neste caso, você não precisa e não deve desconectar a unidade interna. Mas verifique e verifique novamente se você instalou o Ubuntu na unidade correta!
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Se você usa um pendrive ou cartão de memória para o seu sistema instalado, você deve ajustar o sistema, para reduzir o desgaste das células de memória .