Se você estiver usando o Gnome, este artigo pode ajudar a atualizar os Aplicativos preferidos:
Adicionar um aplicativo aos aplicativos padrão .
Descreve o formato de um arquivo xml que define o novo aplicativo, a ser colocado no diretório $(prefix)/gnome-control-center/default-apps .
Para interromper a caixa de diálogo "navegador padrão", é necessário definir como False em about:config o item browser.shell.checkDefaultBrowser . Veja este tópico para todos os arquivos padrão. O que você está procurando é mozilla.js ou prefs.js. Escrever arquivos de configuração do Firefox não é minha especialidade, mas isto ou isso pode ajudar.