Deve ser possível fazê-lo com um controle remoto universal que ofereça suporte a ele, mas nem todos o farão. Em particular, parece que Logitech Harmony controles remotos devem funcionar ... verifique com o fabricante do seu controle remoto para descobrir.
Eu não sei de um aplicativo para "adaptar" a outros controles remotos que não entendem os códigos de controle remoto do Mac. É possível que a porta do Mac IR só "veja" os sinais que ela reconhece.