Eu usaria testdisk, dessa forma você pode recuperar apenas os arquivos que você precisa. Se você tiver espaço, use sempre o utilitário dd do Linux / UNIX para fazer um backup do disco. Se você usar compactação gzip, qualquer espaço não utilizado ou arquivos de texto devem ser compactados muito bem.
Exemplo de
dd com compactação gzip (certifique-se de que a unidade NÃO esteja montada primeiro):
mount | grep [/dev/sdb|'vol_id --uuid /dev/sdb']
sudo dd if=/dev/sdb | gzip -c > /path/to/image.img
agora você pode executar testdisk (saídas para Windows, Mac OS X e Linux entre outras plataformas)
sudo testdisk /dev/sdb
Siga as instruções ...
Veja link para mais informações sobre testdisk e link para mais informações sobre dd.