Can i move everything from main partition to secondary (which is encrypted) and somehow change / mount point?
Sim, você pode.
Essencialmente, é o mesmo processo que mover uma instalação do Linux para um novo disco / partição, somente a nova partição é criptografada.
Ver, por exemplo, Como faço para mover uma instalação do Linux entre partições?
Apenas ressalva: Como o novo sistema precisa inicializar a partir de um / criptografado, você precisa de um boot adicional, não criptografado, para que o sistema possa inicializar. Além disso, os scripts de inicialização precisam suportar essa configuração; Debian atual / Ubuntu já faz.
Editar: BTW, embora isso não seja necessário, certifique-se de ter um backup atual e em funcionamento antes de fazer isso.