Seguindo de:
echo% USERNAME% > CurrentlyLoggedIn.txt
Parece que o Windows XP, e mais tarde, tem uma variável de ambiente "SESSIONNAME", que é definida como "Console" para a sessão de login do console.
Não tenho certeza do que é definido para uma sessão RDP (área de trabalho remota). Se diferente, você pode usar isso no arquivo de lote como um meio de qualificar se o arquivo mágico deve ser atualizado ou não.
Um pouco de pegadinha com essa abordagem: você também precisa excluir esse arquivo no logout do console.