Bem sobre quanto espaço em disco estamos falando? Se um programa instala algumas DLLs que você pode nunca mais usar, isso não causará nenhum problema.
Pessoalmente, evito usar qualquer programa que exclua algo na pasta do Windows. A menos que você esteja 100% certo do que está excluindo, eu simplesmente não faria isso.
Além disso, o CCleaner é uma ferramenta decente!