Você provavelmente não poderá recuperar suas configurações salvas por causa do fato de que o perfil teria sido salvo com uma versão mais antiga do compiz do que é encontrado em Natty e muito provavelmente não pode ser carregado.
Se o perfil for um arquivo de texto (eu acredito que eles são, mas não lembro de ter sido ignorado), você pode recuperar manualmente as configurações, mas lembre-se de que algumas configurações foram alteradas nesta nova versão do compiz pode ser melhor começar do zero (infelizmente). Eu tive que fazer o mesmo no meu sistema, porque as configurações não são transferidas da versão antiga (diferentes chaves do gconf).