Sim e não.
Sim, é seguro remover uma versão do Qt sem afetar a outra.
Não, não é seguro remover a versão antiga do Qt aqui, já que ambas as versões fazem parte do seu sistema e provavelmente estão instaladas porque algo em seu sistema realmente precisa das duas versões. Você provavelmente pode remover o pacote de desenvolvimento do Qt 4. Apenas tente usar seu gerenciador de pacotes.
Uma vez que a versão é removida do seu sistema (normalmente, remover o pacote do desenvolvedor é suficiente) O Criador deve removê-los de sua lista.