Estou passando pelo mesmo problema, com uma pequena diferença que aloquei o Super + Tab para alternar entre aplicativos.
Veja um remédio : use outro alternador de janelas.
Então, de qualquer forma, sobre como alterar o alternador de aplicativos alt-tab na unidade do ubuntu.
sudo apt-get instala o compizconfig-settings-manager sudo apt-get instala o compiz-plugins
Abra o compizconfig-settings-manager com alt-F2, digite ccsm.
Desça até "Ubuntu Unity Plugin". Escolha a aba "Switcher". Desabilite as ligações de teclas alt e shift-alt-tab. ("Key to start the switcher" e "Key para mudar para a janela anterior no Switcher". Clique no botão "Voltar".
Desça até a seção "Gerenciamento de janelas". Aqui você pode selecionar outro switcher. Ativar o "Switcher de aplicativo estático", resolver quaisquer conflitos potenciais, definindo a configuração de "Switcher de aplicativo estático". Agora você pode ajustar o switcher clicando nele. Eu mudei alt-tab e shift-alt-tab para "Próxima janela (Todas as janelas)" e "Janela anterior (Todas as janelas)".
(citado no link ).
Até agora, isso está funcionando para mim. Eu não tenho experimentado o problema desde que eu mudei para o outro alternador de janela (que na verdade implica que o gerenciador de janelas Unity original está causando o problema, e não está bloqueando as combinações de teclas).