Entrei em contato com o suporte novamente. Eu realmente não recebi uma resposta direta, mas com base no que eles disseram eu posso concluir o seguinte,
A unidade NAS tem 4 interfaces, eSata, USB, SMB (por exemplo, \\ nasdrive \ folder \ file) e FTP.
Portanto, eSata e USB expõem uma 'interface' do Fat32 à unidade. Isso significa que não posso gravar arquivos com mais de 4 GB ao usar eSata ou USB.
Quando me conecto através de FTP, conecto-me através de uma interface FTP à 'unidade atual' que é uma unidade formatada para Linux. Eu acho que algo como ext3.
Portanto, parece que o Fat32 é uma camada falsa para tornar a unidade compatível com o Windows quando o Windows se conecta diretamente à unidade.
Isso também significa que, quando eu uso o eSata ou o USB, posso ler arquivos maiores que 4 GB, se eles já estiverem na unidade.