A pasta de aplicativos dentro do seu diretório pessoal não é uma pasta crítica; Seu objetivo é permitir que usuários não administradores instalem aplicativos que eles possam usar quando não tiverem permissão para gravar na pasta /Applications/ .
Se você deseja que sua pasta de aplicativos pessoais aponte para a pasta de aplicativos globais, execute ln -s /Applications ~/Applications no Terminal.
Como este não é o design, não ficaria surpreso se os utilitários de reparo da Apple continuarem a remover isso no futuro.