Copie-os sempre para um disco rígido separado ou uma unidade flash quando terminar. Se você não precisa garantir a segurança, então use um serviço como dropbox para manter backups - Eles salvam todas as revisões de seus arquivos, e é grátis. Existem outros serviços pagos se você precisar de mais armazenamento.
Se você tiver um segundo computador, também poderá configurar seu próprio repositório de código e usá-lo diretamente no Xcode.
O Time Machine também é uma boa opção, já que, embora seja projetado para fazer backup de todos os arquivos, seus arquivos de código devem ser incluídos.
O backup é um tópico enorme , desde a simples manutenção de uma segunda cópia em uma unidade separada até vários backups externos de uma matriz RAID-1 - tudo se resume a quanto os dados realmente valem para você se fosse perdido.