Aqui está uma lista de verificação que eu sempre sigo nas situações semelhantes às suas:
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Mantenha um olho da temperatura. Na última vez que tive esse tipo de problema, coloquei um gráfico de temperatura na área de trabalho do KDE 4.xe vi rapidamente que as lentidões / interrupções estavam estritamente relacionadas à temperatura. Depois que eu abri o laptop e limpei a poeira, tudo começou a funcionar.
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Os fãs estão funcionando bem? Verifique a velocidade de rotação do ventilador.
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Algum aplicativo de repente e muito rapidamente está consumindo toda a RAM disponível? Veja a atividade de HD e uso de memória através do seu aplicativo favorito - sar, monitor do sistema Gnome, mrtg, o que for.
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Se você tiver os efeitos da área de trabalho ativados, tente desativá-los e veja se o problema está relacionado à aceleração 3D. E se você tiver o 3d ativado, você pode tentar causar o travamento com alguma tortura 3d, por exemplo, instalando o & jogando tuxracer (ou ppracer, o que quer que seja chamado hoje).
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Se as interrupções forem completamente aleatórias, suspeite da fonte de alimentação / bateria. Meu Dell Latitude D830 já tem uma bateria já substituída, eu recebi essa coisa no final de 2007. No meu caso, a bateria acabou de morrer uma noite - ela não recarregou e o laptop estava piscando algumas luzes estranhas, mas eu não me admiraria se uma bateria com defeito causasse travamentos repentinos.
E, como mencionado, HDs escamosos podem causar todos os tipos de efeitos colaterais engraçados. Experimente smartctl -a /dev/sda
(ou qualquer que seja o seu HD).