Você provavelmente poderia gravar um arquivo de lote para mapear uma unidade de rede para o servidor remoto, especificando o domínio \ nome de usuário e senha, em seguida, usar xcopy ou roboocopy para fazer a cópia.
net use Z: \servername\sharename /user:domain\username password
robocopy C:\source\directory\ Z:\destination\directory /E /Z
Algo assim deve fazer o truque, desde que você tenha permissões suficientes para mapear a unidade. Se você precisar passar por uma VPN ou algo assim, pode ser um pouco mais difícil.