Primeiro, usando o arquivo no Repair, você revertou sua configuração de hardware para o estado de instalação. Se você não tiver desabilitado a restauração do sistema, recomendo restaurar o arquivo SYSTEM de um ponto de restauração recente. (Volte alguns dias ... mas não muito longe).
Quanto ao arquivo NTFS.SYS, você não quer o arquivo do disco de instalação, provavelmente, como é antigo (especialmente se o disco de instalação é antigo - provavelmente você está executando o SP3 (ou pelo menos 2) e seu disco provavelmente é RTM ou MAYBE SP1). Tente obter o arquivo de outro sistema e / ou procure em suas pastas $ NTUninstall ... (dir / s ntfs.sys em c: \ windows \ system32) e copie uma versão antiga (mas de preferência não muito antiga).
Você provavelmente também pode baixar o SP3, extraí-lo e expandir o NTFS.SYS de lá (e você pode ter "backups" na pasta DLLCACHE ou ServicePackFiles