Todos os seus Podcasts são armazenados em ~/Music/iTunes/iTunes Music/Podcasts no Mac OS X ou em %HOMEPATH%\My Music\iTunes no Windows 7.
Lá, você pode encontrar uma pasta diferente para cada podcast.
Existe uma maneira de criar pastas para o iTunes para seus podcasts?
O iTunes deve ter uma boa maneira de organizar todos eles, não?