Você especificou C:\Python25
como o diretório de instalação no instalador da GUI? Deve respeitar essa configuração. Se não, você pode especificar um diretório de instalação de destino a partir da linha de comando assim:
msiexec /i python-2.5.amd64.msi TARGETDIR=c:\python25
Verifique se você está no diretório que contém o msi ao executar o comando e se esse prompt de comando foi executado como administrador.