Eu recomendaria uma instalação limpa. Ao atualizar, sempre haverá arquivos, programas e configurações deixados para trás, o que poderia prejudicar seu sistema. Fazendo uma instalação limpa, você sabe que não há nenhuma confusão adicional em torno de uma versão anterior do Windows e, em seguida, você pode copiar documentos que você pode ter salvo em uma unidade externa.
E sim, você pode executar uma instalação limpa com a mídia de atualização, contanto que o sistema operacional subjacente seja uma versão instalada e ativada do Windows . Então, para responder a sua pergunta, sim, deve ser "no topo do Vista", mas não será o mesmo que o processo de atualização regular, ele irá apagá-lo para você.