Defina o painel do gnome como o primeiro tipo de monitor (laptop)
gconftool-2 --set "/apps/panel/toplevels/top_panel_screen0/monitor" --type integer "0"
Para o segundo monitor (externo) use
gconftool-2 --set "/apps/panel/toplevels/top_panel_screen0/monitor" --type integer "1"
Se você usar awn em vez de gnome-panel, isso também funcionará.