O gerenciador de tabelas vinculadas permite que você atualize as sequências de conexão de suas tabelas vinculadas. Se o seu DSN não tiver sido alterado, não será necessário fazer isso mais de uma vez. Você teria que fornecer mais detalhes para tentar descobrir o que está causando isso.
EDITAR:
Quando você acessa o A2007, está herdando os metadados das tabelas vinculadas do A2003 antigo. "Metadata" os dados armazenados nos links de tabela que descrevem os índices, PK, contagem de registros, provavelmente cardinalidade de índice e outras coisas, que são coisas que o Access usa para decidir como processar operações de recuperação de dados. O Access pode recuperá-lo a cada vez do servidor, mas, em vez disso, o armazena em cache nos links da tabela para economizar tempo.
O problema é que os metadados mais antigos podem estar desatualizados ou sutilmente diferentes de maneiras que causam problemas de desempenho. No seu caso, os metadados provavelmente estavam causando algum tipo de gargalo estando desatualizados por algum motivo após o upgrade. A execução da tabela vinculada reescreve a string de conexão e os metadados com os dados atuais, o que significa que você não tem mais o afunilamento causado por qualquer metadado antigo que fosse impreciso.
Ainda não está claro se você realmente fez criar um novo DSN ou se você usou um existente - você deve ter usado o existente que estava lá para a sua versão A2003.