você deve desativar a opção Padrão na GUI do Network-Manager e ativar somente a opção Magic . Se você tentar isto, então você deve verificar se está tudo bem abrindo o shell e emitindo este comando:
sudo ethtool *<your_eth_device_here>*
Você deve ver a linha:
Wake-on: g
Se não for g mas d ou qualquer outra coisa, algo pode estar errado.