O ClamAV é o programa antivírus padrão para Linux.
Para atualizações, se você estiver usando o Ubuntu e o Debian, as atualizações do ClamAV serão distribuídas como qualquer outra atualização de pacote (veja aqui ou aqui ), então o apt-get irá fazer o download e instalá-los para você. Se você realmente quiser controlar as atualizações, pode configurar seu próprio repositório usando qualquer um dos howtos online (por exemplo, este ).
Para outros aspectos da administração e relatórios centralizados, você deve examinar ferramentas gerais de administração do Linux (como Puppet ou Cfengine ) e madeireiros como syslog-ng ou rsyslog . Todos estes podem ser configurados para lidar com o ClamAV, bem como tudo o mais em suas caixas. Mas isso está se tornando mais uma questão de falha de servidor.
Existem produtos comerciais disponíveis - a McAfee, por exemplo, oferece o LinuxShield - mas duvido que eles ofereçam muito mais do que o ClamAV.