Eu vi o Apple Mail levar 30 segundos ou um minuto para atualizar o arquivo lido / não lido quando você está no processo de buscar e-mails ... Mas nunca precisei sincronizar manualmente a conta.
O que acontece se você clicar em "Obter e-mail" em vez de "Sincronizar"? É possível que você tenha configurado para buscar emails manualmente?