Geralmente: não se preocupe em fechar a primeira janela.
Diga-me mais detalhes -
- como você está logando? ssh com X forwarding? KVM de rede?
- você está usando os xterms filhos para processos de geração que funcionam mais?
Algo sobre como você expressa sua pergunta implica que você está iniciando processos de produção não gráficos usando o X11. Se as coisas que você está executando não exigem uma GUI, eu recomendaria contra a execução da GUI para iniciá-los. Leia sobre Tela GNU e / ou nohup .