Já faz um tempo desde que eu usei, mas acho que o Handbrake pode se encaixar em suas necessidades: Handbrake
A única área em que não tenho certeza de que atenderá aos seus requisitos é como ela é dividida em vários arquivos de saída. Mas ele suporta a codificação Theora, e eu acho que ele pode fazer uso de várias CPUs / núcleos.