Pelo que entendi, as partições "Ocultas" são uma relíquia para contornar as limitações das versões dos MBRs e versões anteriores das janelas. Eles são úteis para ter mais de um volume lógico em uma unidade e para dizer ao sistema operacional para não olhar para determinadas partições no momento da inicialização.
Eu não sei o que você quer dizer sobre as partições "ocultas" sendo respeitadas no linux, porque você pode montá-las definitivamente. Se você quiser que o conteúdo da partição "oculta" seja confidencial, considere a possibilidade de criptografá-la.
Se você realmente quer apenas ter um conteúdo não criptografado no disco, mas oculto do sistema operacional, uma maneira multiplataforma seria criar uma partição e um sistema de arquivos e, em seguida, excluir essa partição da tabela de partições.
Você então forneceria um script de "desbloqueio" que restauraria a tabela de partições (fácil) ou um programa que montaria a partição usando FUSE / winFsp (um pouco mais difícil).
Um sistema de arquivos criptografado entre plataformas será mais fácil do que qualquer um deles.