Assumindo um file.csv
(nomes de arquivos separados por espaço):
file1 file2 file3,password1,output1
file4 file5,password2,output2
file2 file5,password3,output3
Você pode usar o seguinte script:
#!/bin/bash
cat file.csv | while IFS="," read -r files password output; do zip -e -P $password $output $files; done