Por que não apenas procurar por arquivos flac, verificar arquivos m4a existentes e converter se não houver arquivos m4a? Apenas um pequeno exemplo:
for i in $(find $PWD -name "*.flac")
do
# check if file was already converted and therefore a m4a file exists
if [ ! -e $(dirname ${i})/$(basename ${i} .flac).m4a ]
then
# convert your file... File including path is in ${i}
echo "Need to convert input file ${i} now..."
WAV=$(dirname ${i})/$(basename ${i} .flac).wav
M4A=$(dirname ${i})/$(basename ${i} .flac).m4a
ffmpeg -i ${i} ${WAV}
ffmpeg -n -i ${WAV} -acodec alac ${M4A}
rm ${WAV}
fi
done