Tente armazenar os arquivos em outra pasta (não compartilhada) no guest / linux e vinculá-los à pasta compartilhada. Links simbólicos podem funcionar, mas os hard links definitivamente deveriam.
Dessa forma, os arquivos & seus atributos permanecem no linux, mas ainda devem ser legíveis através dos links compartilhados com o host / windows.
De acordo com uma resposta a Como fazer o SO Convidado seguir os links simbólicos da pasta compartilhada no askubuntu, você precisa fazer isso primeiro
VBoxManage setextradata VM_NAME VBoxInternal2/SharedFoldersEnableSymlinksCreate/SHARE_NAME 1
e, em seguida, reinicie totalmente o VirtualBox com a administração , outros usuários do Windows 7 informam que ele funciona. (Há muita discussão sobre esse tópico de comentários, sobre o Windows também, no caso de a opção específica ter sido alterada agora, pode ser necessário pesquisar o código-fonte para encontrar o novo).
Outra ideia é que o Windows salve as permissões de arquivo do Linux, usando a Windows Subsystem para Linux , embora o WSL só possa estar disponível para o Windows 10 ( Instalar o Windows Subsystem for Linux ) & Windows Server.
O WSL foi projetado para suportar a fidelidade total dos sistemas de arquivos Linux e permitir a interoperabilidade com drives e arquivos no Windows, por isso não deve ter nenhum problema com os atributos do arquivo linux.
Outra idéia, você poderia manter um shell script para "consertar" as permissões / proprietários do arquivo (com alguns chmod / chown lines) para que eles estejam prontos para usar no linux, depois de lê-los no Windows.
Ou armazene / compartilhe-os em um arquivo tar na pasta compartilhada.