Você não pode, porque é assim que o GNOME Terminal funciona; ainda é uma aplicação com muitas janelas. (É semelhante a abrir várias páginas da web em diferentes janelas no Firefox.)
Seu problema de UX é parcialmente resolvido pela extensão Alternate Tab - embora, mesmo sem isso, o A tecla Tab na visão geral alterna entre todas as janelas, não apenas as aplicações agrupadas.
(FWIW: Não tenho certeza de onde rxvt-unicode
está vindo de improviso, mas se você executar strings /usr/bin/urxvt|grep rxvt-unicode
, ele aparecerá lá.)