De acordo com as informações fornecidas por você, é improvável que esse seja um problema relacionado ao Ubuntu. A velocidade de transferência na sua máquina Ubuntu, embora um pouco baixa, está dentro da especificação USB 2.0. A velocidade na sua máquina Windows excede a especificação USB 2.0, o que é provavelmente porque o seu hub USB naquela máquina permite taxas de transferência mais altas do que as especificadas, como é o caso de alguns hubs 2.0 mais recentes.