Existem alguns problemas no seu código e na cláusula IF.
Exemplo . Vamos verificar o valor ForceActiveDesktopOn
na chave HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer
@echo off
reg query HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer /v ForceActiveDesktopOn > nul
if %ERRORLEVEL% EQU 1 (
echo Key not found
goto INSTALL) else (
echo Key is found, skipping
goto SKIP_INSTALL
)
:INSTALL
:SKIP_INSTALL
Você também precisa inserir o nome da chave e o valor na linha de consulta reg