Você provavelmente já seguiu em frente. Para outras pessoas referirem ...
Eu tive o mesmo problema na versão 12.04. Aqui está como fazer isso:
- Configurações do sistema - > Teclado - > Atalhos
- clique no botão "+"
- digite 'xkill' para o nome
- digite 'xkill' para o comando
Eu suponho que você estava digitando 'Ctrl + Alt + X' para o comando (é o que eu estava fazendo). No entanto, 'comando' não se refere às teclas de atalho, mas ao comando real usado para executar o programa. Eu sei, sou um newb.
Em seguida, pressione Aplicar e clique onde diz "desativado" ao lado do novo comando xkill e pressione as teclas que deseja usar para o seu atalho. Agora você deve poder usar esse atalho para executar o comando 'xkill'.
A partir da leitura de outros fóruns, parece que fazer logout e, em seguida, efetuar login novamente torna-se necessário na versão 13.10 para que os atalhos entrem em vigor.