Tente remover o bumblebee que é a fonte de problemas com os drivers mais recentes da Nvidia:
sudo apt-get --purge remove bumblebee
Se isso não funcionar, tente limpar todas as propriedades da Nvidia instaladas através do arquivo .run , reinstale nvidia-331 através do PPA e, em seguida, remova / elimine bumblebee .
Isso funcionou para mim em 13.10 (x64): Problema com driver Nvidia 331.20 no Ubuntu 13.10 (64 bits)