Eu tive o mesmo problema e descobri que ~/.config/gedit não está habilitado para gravação. Então você tem duas opções.
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Isso é complicado, mas você sempre pode iniciar
geditcomo superusuário via terminalsudo -b gedit. -
Você pode alterar as permissões de
~/.config/gedite todo o seu conteúdo:sudo chmod -R 760 ~/.config/gedit